O MEPE foi criado em 24 de agosto de 1928, através de lei estadual, como Museu Histórico e de Arte Antiga, subordinado à Inspetoria Estadual de Monumentos Nacionais, sendo inaugurado em 7 de setembro de 1930, funcionando no Palácio da Justiça, e contando com uma coleção composta principalmente pelas obras do artista pernambucano Telles Júnior e mais poucas peças, como os retratos imperiais, documentos, algumas litografias e mobÃlia. Extinto esse museu em 1933, seu acervo passou à guarda da Biblioteca Pública do Estado, onde permaneceu até 1940. Neste ano o museu foi recriado, por decreto de 10 de maio de 1940, passando a funcionar em um palacete que pertencera a Augusto Frederico de Oliveira, filho de Francisco Antônio de Oliveira, Barão de Beberibe, e que é um exemplar tÃpico e importante da arquitetura aristocrática pernambucana do século XIX. Reformado no inÃcio do século XX, o prédio recebeu um segundo pavimento e, em 1951, um pavilhão anexo. Novas reformas levadas a cabo em 1998 adicionaram outros espaços de exposição nos porões do casarão. Fechado em 2003 para novas reformulações, o museu reabriu em 2006.