Criado a partir das idéias museológicas defendidas pelo sociólogo Gilberto Freyre, o Museu do Homem do Nordeste nasceu da fusão de três outros museus: o Museu de Antropologia (1961-1979), pertencente ao então Instituto Joaquim Nabuco de Pesquisas Sociais; o Museu de Arte Popular (1955-1966), ligado ao Governo do Estado de Pernambuco; e o Museu do Açúcar (1963-1977), do extinto Instituto do Açúcar e do Álcool.
O autor de Casa-grande & Senzala e de outras obras basilares para a compreensão da sociedade brasileira, defendeu, em 1924, a criação de museus regionais de caráter antropológico, afirmando ser fundamental a fundação, no Brasil, particularmente no Nordeste, de museus de um tipo novo: que reunisse valores expressivos da cultura e do ethos de gentes brasileiramente regionais. Após a incorporação dos acervos do Museu de Arte Popular e do Museu do Açúcar, Freyre completaria a representação museológica do que ele compreendia ser o conjunto da cultura desse homem nacionalmente brasileiro, regionalmente nordestino. Em 1979, é instituída a criação do Museu do Homem do Nordeste, ligado à atual Diretoria de Documentação da Fundação Joaquim Nabuco, vinculada ao Ministério da Educação. Hoje, o Museu reúne um acervo de cerca de 15.000 peças de caráter histórico e antropológico, que conduz à compreensão da formação histórico-cultural da região, bem como dos modos de vida e aspectos ligados à cultura dos grupos étnico-sociais que compuseram e compõem a atual região Nordeste do Brasil.