Desmembrado do território de Ouricuri, o município de Santa Filomena foi criado a 29 de setembro de 1997, com base na lei estadual complementar nº 15, de 1990.
A lei estadual complementar permitia a um município ou vila solicitar emancipação, desde que atendesse alguns requisitos. Tais como ter população superior a 10 mil habitantes e total de eleitores maior que 30% desta população.