No início da colonização do atual Município, atuaram, na catequese dos indígenas, os padres das primeiras missões estabelecidas às margens do rio São Francisco, sobretudo os jesuítas e os capuchinhos franceses.
Às margens do rio Pajeú, afluente do São Francisco, estabeleceu-se, na segunda metade do século XVIII, o capitão José Pereira Maciel, rendeiro da famosa Casa da Tôrre, com fazenda de gado a Fazenda Grande, como depois seria denominada. Vivia-se, então, em pleno ciclo do gado, quando se alastravam as fazendas no sertão nordestino sob estímulo do consumo crescente no litoral, onde se desenvolviam ativamente a produção açucareira e o povoamento.
No ano de 1777, José Pereira Maciel mandava construir, em sua propriedade, um oratório privado, dedicado ao Senhor Bom Jesus dos Aflitos, com capelão mantido às expensas da fazenda. Mas já no ano seguinte, a 2 de março, fazia doação do Patrimônio de Fazenda Grande, que incluía dotação financeira para "reparo, reedificação e paramento" do oratório ali existente, em escritura passada no cartório de notas da Fazenda Riacho do Navio. O oratório do Senhor Bom Jesus dos Aflitos, desde logo, atrairia a população crente das vizinhanças, fazendo surgir o povoado do Senhor Bom Jesus dos Aflitos da Fazenda Grande. Em 1792, o povoado era elevado a sede de capela, e, em 1801, a freguesia e distrito (desligado da freguesia e distrito de Tacaratu). ato confirmado um ano depois.
Até os últimos anos do Império, houve índios no Município, vivendo em zonas retiradas, como o riacho do Navio e a Serra Negra.
Salve ó terra formosa! Tu és bendita
Nosso lar com o nome de Flores;
Toda cheia de graça infinita
Do Sertão, és a fada de amores!
Bem nascida entre verdes colinas,
Sob o encanto de um céu azulado,
Ao estranho tu sempre dominas
Com o poder do teu riso sagrado,
Sorridente como uma criança,
Descuidosa de sua beleza,
Do futuro és a linda esperança,
Flores velha de sã natureza!
Em setembro tu foste fundada;
Do Sertão tu és a preferida.
E o teu povo tão cheio de vida
Só trabalha por ver-te elevada.