É da tradição local, referência a indígena de uma tribo de nome desconhecido, que formariam aglomerado numa aldeia de Serra Negra, no território do atual município.
A formação do município teve início na área onde está localizado o distrito de Quitimbu. Ali chegou no século XVIII o coronel Luiz Tenório de Melo Dodô, o pioneiro, que atraindo outras pessoaas viu estender-se o povoamento. Como primeiro núcleo da atual cidade de Custódia, mencionam-se a fazenda de Manoel Alves de Siqueira, que tinha a denominação de Santa Cruz.
O topônimo do município foi dado por dois padres jesuitas, que fugindo a perseguições demoram-se alguns meses no lugarejo e ergueram uma capela dedicada a São José. De comum acordo com os habitantes, prestavam, assim homenagem a Dona Custódia, uma senhora que também se instalara no local.
Da fazenda Santa Cruz surgiste um dia
Cheia de encanto em campo verdejante
De terras que doadas por teus filhos
Se tornaram de belezas fascinantes.
Custódia, terra querida
Berço amigo de gente de valor
És livre pelo esforço de teus filhos
Que te adoram e te amam com fervor.
Acolhestes em teu seio jesuítas
Deste pouso e hospedagem a feirantes
Ergueram-se casas e moradas
Pra descanso de tropeiros e passantes.
Custódia, terra querida
Berço amigo de gente de valor
És livre pelo esforço de teus filhos
Que te adoram e te amam com fervor.
Não importa qual origem és Custódia
Com o Rio Moxotó a te banhar
Santuários onde são feitas romarias
E igrejas onde o povo vai rezar.
Custódia, terra querida
Berço amigo de gente de valor
És livre pelo esforço de teus filhos
Que te adoram e te amam com fervor.
O tempo te tornou desenvolvida
Em cidade de cultura superior
E hoje, Custódia és dotada
Em progresso de grande real valor.
Custódia, terra querida
Berço amigo de gente de valor
És livre pelo esforço de teus filhos
Que te adoram e te amam com fervor.