No início do século XIX, dois irmãos habitavam na margem esquerda do rio que banha o atual Município: um, instalado no local onde hoje se estende a rua da Estação e outro mais acima, para as bandas do Lajeiro e da Serra dos Bois. Este último, tendo perdido a mão direita, passou a ser conhecido como "Canhoto", apelido que se estendeu ao próprio rio. Seu irmão, a princípio identificado como "irmão de Canhoto", e mais tarde alcunhado de "Canhotinho" (talvez por ser de estatura mais baixa), erigiu, próximo de sua residência, uma capela, sob a invocação de São Sebastião, a quem era extremamente devotado.
Em pouco tempo surgia a povoação, que teve por nome o apelido de seu fundador -Canhotinho. Em 2 de setembro de 1885 foi concluída a estação da linha férrea, e, no mês seguinte chegou a primeira locomotiva. Em 1892 Canhotinho já estava com seu comércio regularmente desenvolvido. No ano seguinte, construíram, em menos de 3 meses, a Igreja atual. Em 1897 chegou ao Município o Dr. William Butler, acompanhado de seu filho Humphrey, ambos médico, aos quais Canhotinho muito deve, sob o ponto de vista sanitário. Foram construídos um templo evangélico, um colégio, uma casa de saúde e prédios residenciais.
Uma estrela no céu a brilhar
ilumina com todo carinho
lá no alto a te contemplar
minha bela e sem par Canhotinho
Uma estrela no céu a brilhar
ilumina com todo carinho
lá no alto a te contemplar
minha bela e sem par Canhotinho
Terra querida!
Amo-te sempre, te quero por toda a vida
Lagoa seca Rio Canhoto,
campo do sol, do meu tempo de garoto
Seu Passado de luta e glória
vive sempre no meu pensamento
Os teu filhos brilham na história
quais estrelas no firmamento.