Brejão foi criado cem dezembro de 1908 com a denominação de Brejão de Santa Cruz, integrando o território do município de Garanhuns. Passou a constituir-se município autônomo em 1958. Anualmente, no dia 01 de março o município comemora a sua emancipação política.
Administrativamente, Brejão é formado pelo distrito sede e pelo povoado de Santa Rita. A padroeira da cidade é Nossa Senhora da Conceição.